余学清教授长期从事肾脏疾病的临床和实验研究工作，多个研究方向处于国际前沿或国际先进水平。 1. 肾脏疾病进行性发展机制和综合防治：明确了华南地区城市和农村CKD的发病率和主要危险因素，为国家制定CKD的防治对策提供依据； 2. IgA肾病和狼疮性肾炎等遗传发病机制及防治研究：研究团队以IgA肾病的遗传学发病机制研究为突破口，寻找IgAN发病的易感基因和致病基因。在IgAN的全基因组关联分析研究共发现了与IgAN相关的四个易感基因位点，其中两个是新的易感位点。研究结果发表在自然遗传杂志（Nature Genetics 2012）； 3. 腹膜透析临床和相关基础研究，探讨腹膜纤维化发生机制及并据此探讨针对性防治策略，是提高腹透技术存活率和患者生存率的关键。目前中山一院腹膜透析中心病人数居世界前2名，病人存活率居国际前列，技术存活率居国际领先水平，并且得到了国际著名同行专家的肯定和赞誉。 目前共承担各级科研基金30项,包括：国家自然科学基金杰出青年基金1项、国家自然科学基金重点项目1项、国家科技部国际合作计划项目1项、国家重大科技基础条件平台项目 (分课题) 1项、国家重大基础研究计划（973项目）（分课题）2项、国家自然科学基金面上项目3项、教育部创新团队项目1项、教育部跨世纪优秀人才基金1项，卫生部行业公益性项目1项、卫生部临床学科重点项目3项等；共发表科研论文269篇，其中SCI收入98篇。出版学术专著11部，其中主编4部。获得国家级部级科技成果奖7项，其中国家科学技术进步二等奖1项。