一种区分中国地方猪种和大白猪的分子标记SV193及其应用技术

本发明公开了一种区分中国地方猪种和大白猪的分子标记SV193及其应用技术，其特征在于：SV193位于猪参考基因组Sscrofa 10.2的chr8:142093174‑142093446，SV193缺失基因定为D，正常不缺失的基因定为A。应用本发明所述的检测技术，得出大白猪以不缺失的A基因为主，而中国地方猪品种以缺失的D基因为主，应用分子标记SV193可以区分大白猪和中国地方猪种。

1.一种区分中国地方猪种群体和大白猪群体的分子标记SV193，其特征在于：SV193缺失区间位于参考基因组Sscrofa 10.2的chr8: 142093174-142093446，该SV区间有A和D两种等位基因，三种基因型AA、DA和DD型，其中AA为正常基因型、DD为纯合缺失基因型、DA为杂合型，所述的地方猪种为香猪、可乐猪、萝卜猪和荣昌猪。
2.根据权利要求1所述的一种区分中国地方猪种群体和大白猪群体的分子标记SV193，其特征在于：SV193的一组引物，所述的引物分别为：上游引物F1：5’-CGGATTGAAGAAGCCCTGATG -3’，下游引物R1：5’- GAGCCTATCTCACACCCAAACAGT -3’，目的序列分别为SEQ ID No.1、SEQ ID No.2，缺失区间序列为SEQ ID No.3。
3.如权利要求2所述的一种区分中国地方猪种群体和大白猪群体的分子标记SV193的应用，其特征在于：包括以下步骤：（1）提取待测大白猪和地方猪种的基因组DNA；（2）以6个待测猪种的基因组DNA为模板，分别利用上、下游引物，进行PCR检测，分析SV的基因型；（3）1.0 %琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，凝胶成像系统记录条带并判断基因型，应用SPSSv20.0 中的卡方检验进行双侧检验，分析大白猪该SV区间的基因型与地方猪种该SV193区间的基因型分布频率的差异；根据各群体中SV193的等位基因频率不同来区分大白猪和中国地方猪种；所述的地方猪种为香猪、可乐猪、萝卜猪和荣昌猪。
4.根据权利要求3所述的一种区分中国地方猪种群体和大白猪群体的分子标记SV193的应用，其特征在于：步骤（2）中进行PCR所使用的扩增体系为20 μL，即：2×Taq PCRMaster Mix 10 μL，10 μmol/L 引物上、下游各 0.3 μL， ddH₂O 8.4 μL，10 ng/μL基因组DNA 1 μL；进行PCR采用的反应条件：1）预变性：94.0℃ 5 min；2）扩增反应：变性：94.0℃30 sec，退火：56℃ 30 sec，延伸：72.0℃ 45 sec，35个循环；72.0℃ 10 min，4℃保存。